Ämnet religionshistoria har uppstått både i samverkan och i opposition till traditionell kristen teologi något som speglas i hur ämnet har funnit sin roll i de akademiska institutionella strukturerna. I Uppsala är religionshistoria ett ämne inom en teologisk fakultet, i Lund ett ämne vid centrum för teologi och religionsvetenskap (CTR) medan religionshistoria utgör en egen institution i Stockholm, och är ett ämne på en religionsvetenskaplig institution på humanistisk fakultet bl.a. i Göteborg. Vidare så är religionshistoria i likhet med religionsvetenskap på många högskolor tätt knutet till lärarutbildningen vilket ibland också tar sig i uttryck i den forskning som bedrivs inom ämnet.